永善在夏禹属梁州域，周朝属雍，秦属西南夷，汉初属犍为郡朱提县，蜀汉属朱提郡朱提县，西晋初属朱提郡南广县，南朝属宁州朱提郡河阳县，隋开皇三年废郡改州统县，属南道开边县地，唐南诏时，属爨部地，宋朝属乌蒙部，元朝属乌蒙路宣慰司，明朝属四川乌蒙府地。
清雍正八年（1731年），将四川辖地夹在县域的吞都一带地方划归永善，并于吞都设汛防。雍正九年（1731年）十月，“移永善县鲁甸巡检驻副官村”，同时鲁甸建厅隶属昭通府，永善设副官村分防。同时，因县城米贴地势狭陷、易攻难守、屡遭兵患迁莲峰。清光绪三十四年（1908年）划出北面副官村另设靖江县（今绥江、水富等地），同时在井底设弹压公署（后改为分县，1946年撤），分管下半县。1950年4月，永善解放，隶属云南省昭通地区。

县名由来

清朝雍正五年（1727年），云贵总督鄂尔泰平定乌蒙（今昭通），改隶云南，设昭通府；六年二月又于米贴设一知县、教谕、典史，分驻昭通镇标右营游击，抚驭乌西一带；适值米贴土目禄永孝死，其妻禄氏掌管其地，抗不服调。同年二月初一日，鄂尔泰遣援剿左协副将郭寿域领兵300往谕，初五日抵米贴。禄氏表面归服，暗地谋反，于二月十二日夜半，率四川沙马、黄琅土司和吞都德昌土司、彝目毛脸乌基等聚集1000余人叛，寿域被害，士兵300仅有一甘姓幸存，奏报鄂尔泰，鄂尔泰大怒，派大将张耀祖、哈元生、卜万年率兵分三路进剿平之，并由朝庭钦命县名为“永善”。